致病菌是常见的致病性微生物，能够引起人或动物疾病。食品中的致病菌主要有沙门氏菌、副溶血性弧菌、大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等。《食品安全法》规定，食品安全标准应当包括食品、食品相关产品中的致病性微生物、农药残留、兽药残留、重金属、污染物质以及其他危害人体健康物质的限量规定。目前，我国涉及食品致病菌限量的现行食品标准共计500多项，标准中致病菌指标的设置存在重复、交叉、矛盾或缺失等问题。

2002年，国际食品微生物标准委员会（ICMSF）出版的《食品微生物检验与食品安全控制-食品中的微生物（第七卷）》，对微生物标准的选择、制定和应用，以及分级采样方案原理、类型和应用等内容进行了详细介绍。ICMSF提出的分级采样方案是食品微生物标准的重要组成元素，已被CAC和国际社会广泛认可采纳。2011年，ICMSF出版了《食品加工过程的微生物控制原理与实践-食品中的微生物（第八卷）》，对18大类不同食品中的微生物危害及其潜在风险进行了系统分析，并按食品类别及加工工艺特点提出了应该加以控制的主要致病菌种类、限量要求及相应的关键控制点等。

为控制食品中致病菌污染，预防微生物性食源性疾病发生，同时整合分散在不同食品标准中的致病菌限量规定，国家卫生计生委委托国家食品安全风险评估中心牵头起草《食品中致病菌限量》（GB29921-2013，以下简称GB29921）。标准经食品安全国家标准审评委员会审查通过，于2013年12月26日发布，自2014年7月1日正式实施。

需要注意的是，食品的无菌和药品的无菌概念有所不同，食品的无菌是指商业无菌，商业无菌指的是经密封杀菌或杀菌密封（无菌包装）工艺处理，达到产品无致病菌、常温储存下非致病菌不能生长繁殖状态，主要产品为可在常温下长期保存的罐头食品，如市场上常见的常温存放的：马口铁或铝合类罐头、即食燕窝罐头、幼儿辅食罐头、宠物罐头等），复合塑料袋或铝塑复合袋包装的休闲食品如各种口味的豆腐干、酱卤肉制品，常温存放的火腿肠、利乐包包装的牛奶等均为罐头食品，除此之外还有无菌奶。对于罐头类食品等需要达到商业无菌要求的食品，应执行商业无菌要求。